对盛果树的修剪，夏季采用抹芽、摘心、冬季采用蔬剪、回缩相结合，逐年增大修剪量，尽可能保持梢、果生长平衡，防止大小年结果 。 对结果枝组采取轮换压缩修剪，春秋梢抽生较长的，留8～10片叶尽早摘心 。
夏梢萌发时，采用抹芽放梢，反复抹去无花蕾的嫩梢，至7月中、下旬停抹，抽放大量短壮秋梢，经过疏删调整过密和位置不当的嫩梢，即可使这批秋梢成为来年优良母枝 。 对树冠内部的辅养枝，在其结果后逐年回缩疏除 。
下垂枝结果后，下垂部分长势更易衰弱，可逐年回缩剪去先端下垂部分，抬高枝群位置，继续结果 。 对顶端较多的直立大枝，可按强树疏强枝，中庸树疏直立枝的原则进行处理，强的疏除，弱的短剪 。 通过修剪，使盛果树始终处于营养生长和生殖生长的平衡状态，始终保持一定的丰产树形，从而延长树体的经济寿命 。 对前期疏于整形和修剪，或树冠上部强下部弱，形成郁闭的成年树，视情况采用疏枝、锯大枝、重度回缩、开天窗和剪除骑马枝等修剪方法，使树体减少郁闭，尽快恢复树势，形成产量 。
对密植树的修剪：在柠檬密植树结果的前几年，修剪宜轻，主要是抹除夏梢保果，促发秋梢作结果母枝，及时短截结果枝组 。 对7、8年生及以后的柠檬树，要加重缩剪衰弱枝组和大枝，以延缓树冠郁闭 。 树冠封行交叉处，要压缩增密树(非永久树)上部的大枝，以保证永久树的扩展 。 间伐后永久树按稳产树修剪 。
对衰老树的修剪：柠檬的经济寿命较其他柑橘类果树短，一般在20年后产量即开始下降，30年后即开始衰老 。 对衰老树宜在春梢萌动时，根据衰弱程度进行不同程度的更新修剪 。 特别弱的柠檬树要在开花前短剪，疏除花蕾，并在夏季回缩，结合施夏肥，促发夏梢恢复树势 。 对开始衰老柠檬树，部分枝群衰退，尚有部分能结果的，可每年回缩剪除1/3的侧枝和小枝组，促发新的侧枝生长强壮，更新树冠 。 在轮换更新期间，尚有一定产量，三年全树轮换更新完毕，即可获得较好效果 。 对衰老特别严重的柠檬树，应给予淘汰 。 衰老树更新修剪最好结合土壤改良增施有机肥，断掉部分1—2厘米的粗的粗根，促发新的细根 。
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